Испания, 1944 год. В густых лесах северной Наварры отряд повстанцев ведет отчаянную борьбу против фашистского режима. В это неспокойное время юная Офелия, десятилетняя мечтательница с богатым воображением, прибывает вместе с беременной матерью Кармен в военный лагерь. Их принимает отчим девочки, капитан Видаль — безжалостный офицер армии Франко, одержимый идеей уничтожить сопротивление любыми средствами. В этом суровом мире Офелия находит утешение в сказках и неожиданно открывает поблизости таинственный заброшенный лабиринт.
Внутри лабиринта девочку встречает фея, которая приводит её к самому сердцу этого древнего места. Там Офелия знакомится с Фавном, могущественным хранителем подземного царства. Существо открывает ей невероятную тайну: оказывается, девочка — давно потерянная принцесса волшебного королевства, которую безуспешно разыскивал её отец на протяжении многих столетий. Фавн предлагает Офелии шанс вернуться в своё истинное королевство, но для этого ей предстоит выполнить три непростых испытания до наступления полнолуния, храня свои приключения в строжайшей тайне ото всех.